《使徒行者3》卓凯终于熬过三年刑期出狱，临别时金青社雷超带人祝贺相送，崇联的韦爷看不惯过来搅局，把一堆剩饭剩菜倒在卓凯的饭菜上。这几年多亏雷超照顾，卓凯在狱中才没有被欺负，现在出狱了，韦爷又带人过来恐吓，雷超立马迎上去，两班人马谁也不服谁。
眼看打斗一触即发，卓凯赶紧站起来道歉，因为他当年卧底的时候无意中杀死韦爷的儿子小荣，俩人算是接上冤家，人死不能复生，现在不管他怎么认错，韦爷是不会放过他的，不管是在狱中还是在狱外。
卓凯出狱后，妻子莫羡晴盘下一家他们曾经经常光顾的一家咖啡店，想后半生以此为业。可是卓凯清楚，自己虽然不是警察了，但是按照规矩仍要接受警察内部调查，以防止他泄露机密，还有那些曾经的黑帮也不会放过自己。
卓凯在狱中受到雷超保护，情报科总督察章纪孜认为他一定有问题。卓凯去足疗店找薛家强，遇见正要锁门的警察麦兜。麦兜随机应变，说自己是在这里上班的员工，被老板拖欠工资，但现在找不到老板，她请卓凯进店里闲聊，故意让卓凯扫描自己手机加微信，然后把监听程序装到其手机上。
麦兜洋洋得意去警局回报工作，可是她不知道卓凯早已看穿她把戏，反监听了她，同时通过技术手段获取关于薛家强的卧底资料。
当年薛家强派朱倩潜伏进一家跨国卖淫团伙解救大宝、二宝姐妹，该团伙假借招聘模特，然后故意给朱倩包装推广，花去高昂费用后，一改往日殷勤，变成恶煞，强迫朱倩卖淫还债。朱倩找到二宝时，她正被迫去接待两位变态商人，朱倩略施伎俩，在俩个商人的茶水里放入药物，让他们失去性功能，然后带其逃跑，并把她藏起来。
薛家强获得情报，大宝和一群女孩正被偷运到迪拜，他赶紧驾车前往。没想到警察内部有奸细，透露他得详细行动路线，在半路围追堵截他，同时大宝又被转移地方。等薛家强又赶回去迎接朱倩的时候，眼睁睁地看着朱倩被人拖拽上车，从此杳无音信。据查朱倩被人摘取器官，活生生死去，而犯罪团伙也彻底消失，无从查起。
章纪孜获得情报，朱倩的手表被人倒卖，并且出现在薛家强足疗店附近。麦兜顺着定位赶到的时候，发现卓凯在那里。卓凯直接看门见山，说出麦兜在自己跟前玩把戏，弄得她羞愧难当，并且要求她的上司来见自己，才会交出手表。
章纪孜见到卓凯，公事公办，根本不给卓凯面子。卓凯毕竟是老警察，知道的情报比她多，并且关系网也大，能让她少走弯路，章纪孜才勉强同意他当自己的线人，并给了他三千港币回报。
他们根据手表定位记录，来到一所大厦，朱倩带二宝逃离时候在这里逗留过，还有记录显示朱倩曾经在这里逗留了三个多小时，而倒卖她手表的人，刚好在这座大厦的康义医疗中心上班。巧的是，朱倩进入模特公司的时候，也是在这家医疗中心做的体检，并且检查项目远远超过作为一名卖淫女范围。
薛家强被人追杀，又被韩建义医生的车撞上，他执意不去医院，韩医生就把他带到康义医疗中心亲自给他缝合伤口。随后薛家强又带着病例找韩建义帮忙，一朋友病危，必须要做器官移植才行，遗憾的是正规途径要等十六个月以上。薛家强说自己在泰国混过，能很快获得人体器官，但请韩建义帮忙做手术，结果被赶了出来。这一幕被前台做卧底的麦兜看见，她赶紧汇报给章纪孜，并且悄悄跟踪出去，没想到被薛家强发现，给关进了厕所。
薛家强等韩建义下班，悄无声息地拿枪逼着他钻进汽车后备箱，开着车朝海边赶去。他的一举一动被跟在身后的卓凯看得一清二楚。麦兜把自己的遭遇报告给同事，大家对薛家强唏嘘不已，可是章纪孜却清楚他在做什么，并命令麦兜别再查他。
薛家强把韩建义带上游艇，告诉他国外朋友指明要他做手术，刚要出发，接到电话，朋友已经离世，没必要做手术了，但按照规矩，要杀人灭口。韩建义露出真面目，说自己早已查清他背景，愿意与他合作人体器官买卖这个生意。
薛家强与卓凯在老地方见面，说出朱倩死因，那么一个机灵听话上进的女孩子，因为自己的命令而死于非命，使他无法平息心中怒火，发誓一定要亲自查到真凶为其报仇。章纪孜见到失踪多日的二宝，也知道了真相，她明白了薛家强的动机，决定要配合他共同铲除这个跨国器官买卖犯罪集团。
韩建义让薛家强去接洽黑中介克莱因，表面上他们合作，但各怀鬼胎，各取所需。薛家强想取得各方信任，克莱因想夺取韩建义货源，取而代之。薛家强带着谈好的定金交给韩建义的时候，克莱因跟在后边突然出现，原来韩建义和人做生意从不露脸，本想发怒发克莱因带着一大箱钱作为见面礼，立马眉笑颜开。
章纪孜为了查清内鬼，故意放出消息已经掌握贩卖人口集团首脑线索，薛家强立马发现韩建义收到短信，韩建义立马取消所有任务并迅速离开医疗中心。卓凯通过一起住过监狱的狱友哥布林，很快查清给韩建义发信息人是高级警司范晓华。专案组的梁警官趁其不意，调换了他的手机，却发现信息均已删除。麦兜经过长久等待，发现贩卖朱倩手表的陈志明鬼鬼祟祟推着一个大箱子进入手术室，走进发现手术台上躺着一名失去意识的女青年。眼看韩建义要进来做手术，麦兜突然被薛家强拉进冷藏箱。等手术做完，所有人离去，他们才发现冷藏箱被锁了起来。